硫酸软骨素的分离纯化，多采用溶剂分级沉淀法、季铵盐法、超滤膜法、色谱法、电泳法、离子交换法、超滤－离子层析法等。李燕妮研究了超滤法分离提取鸡胸软骨中硫酸软骨素和Ⅱ型胶原蛋白的工艺。确定超滤工艺为：鸡胸软骨水解液用截留分子量为10ku的超滤膜， 在0.3MPa、10℃截留得到硫酸软骨素，收率达97.1%；超滤透过液用截留分子量为3ku的超滤膜，在0.6MPa、10℃脱盐浓缩，得到Ⅱ型胶原蛋白，收率达95.1%。谢捷等人研究应用离子交换法直接从猪鼻骨酶解液中分离纯化猪硫酸软骨素的工艺，并与传统酶解－氧化法进行比较。研究表明：HZ－016型阳离子交换树脂能从猪鼻骨酶解液中分离纯化硫酸软骨素，优化后的工艺条件：室温25℃，上样质量浓度20.5mg/mL，上样流速1.0mL/min，最大上样量1BV。离子交换法与传统酶解－氧化法相比，收率提高6.5%，产品质量分数提高5.6%，杂蛋白含量降低28.6%。陆钊等采用超滤－离子层析法精制猪硫酸软骨素，研究了超滤液温度、超滤压力、超滤液pH对猪硫酸软骨素精制时膜通量和得率的影响。结果表明：超滤－离子层析技术可应用于精制猪硫酸软骨素。猪硫酸软骨素超滤的工艺条件：以微孔滤膜处理原料液，超滤膜的截留分子量10ku，超滤压力0.25MPa，超滤温度25℃，溶液pH为9。产物纯度为95.74%，产率为80.15%。相比于单一的超滤法或离子交换法来说，采用双法联合的超滤－离子层析法对硫酸软骨素可达到精细提取的目的，且所得产物的产率和纯度都较高，此法可应用于精制CS。

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