蛋白聚糖是特殊的糖蛋白，它们通常携带粘多糖（GAG）。GAG是线性多糖，有着交替分布的常规糖和氨基糖。因这些分子在细胞膜和细胞外基质上的位置特殊，故它们对细胞信号特别重要。它们还能够与细胞外基质中的蛋白（如生长因子和细胞因子）发生相互作用并调控它们。根据它们携带的GAG类型或核心蛋白之间的同源程度，可以对蛋白聚糖进行分类。GAG包括硫酸乙酰肝素、硫酸软骨素、硫酸角蛋白和硫酸皮肤素。单个蛋白聚糖可携带一种或多种类型的GAG。

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