硫酸软骨素通过其蛋白聚糖形式参与神经调节作用。许多研究表明，脊髓损伤后局部的微环境存在一些抑制再生的因素，其中硫酸软骨素蛋白多糖（chondroitin sulfate proteoglycans，cspgs） 是一大类阻碍轴突再生的物质，内源性cspgs对神经发育及神经损伤后修复起抑制作用。赵伟等研究发现大鼠脊髓半横断损伤后脊髓内硫酸软骨素蛋白多糖aggrecan表达较对照组明显增加，而通过电针治疗，使脊髓损伤邻近组织内 cspgs 表达明显受到抑制，从而减弱其对轴突再生的抑制作用，促进脊髓损伤修复。同理，一些硫酸软骨素酶如chabc能分解cspgs，从而达到促进脊髓损伤修复。另外，cs能通过降低慢性酒精中毒模型大鼠脑组织中单胺类神经递质的含量直接减轻脑损伤。

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