硫酸软骨素是由D－葡萄糖醛酸和氨基己糖交替连结而成的双糖聚合物。它通常与蛋白质结合成糖蛋白的形式存在，当其水解时发生β－消去反应，使得连接硫酸软骨素与蛋白质的O－糖苷键的糖－肽 键断裂，释放出游离态的硫酸软骨素，而O－糖苷键上连接的羟基氨基酸则分别转化为相应的酮酸。目前，国内外硫酸软骨素的提取多来自猪软骨、猪喉骨、鸡胸软骨；牛或羊鼻骨、喉骨、软肋、气管、月牙骨以及各部位的杂软骨；鱼软骨、蛋壳膜等。硫酸软骨素主要利用动物提取法和发酵法进行提取制备。

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